Die Untersuchung des Vorfalles erforderte eine detaillierte Analyse. Etwa 700 Trümmerteile des Aquadoms mit einem Gesamtgewicht von rund 90 Tonnen wurden von Prof. Christian Bonten und seinem Team gesammelt und einer gründlichen Prüfung unterzogen. Diese Arbeiten umfassten das Beschriften und Kartieren jedes einzelnen Acrylglas-Teils, das Vermaßen der Teile sowie die Durchführung von Zerreißproben und chemischen Analysen. Die Expertinnen und Experten mussten dabei ein komplexes Puzzle zusammensetzen, um nachzuvollziehen, wie und wo der Aquadom zuerst zu Bruch ging.
Insgesamt wurden zehn verschiedene Hypothesen überprüft, darunter solche, die von der Öffentlichkeit und den Medien vorgeschlagen wurden: Wurde das Aquarium beschossen? Wurde es mit einem Eispickel oder einem Hammer beschädigt? Gab es ein Erdbeben oder wurden durch Bauarbeiten in der Nähe Erschütterungen verursacht? Jede dieser Spekulationen wurde sorgfältig geprüft und letztendlich ausgeschlossen.